BİLİM ÇAĞ ATLADI

THE NEW YORK TIMES

Bilgisayarların kapasitesi araştırmaların mahiyetini de belirliyor. Nelerin incelenebileceği onlara bağlı.

Çünkü nelerin incelenebileceği, hangi soruların sorulup cevaplandırılabileceği onlara bağlı.
California Üniversitesi'ne bağlı bir araştırma konsorsiyumu olan California Telekomünikasyon ve

Enformasyon Teknolojileri Enstitüsü'nün (Calit2) Başkanı astrofizikçi Larry Smarr, "Bugün tüm bilimsel araçların içinde bilgisayarlar bulunuyor.

Bu büyük bir değişim" diyor. Güçlü bilgisayarların sunduğu yeni araçlar, araştırmacıların incelediği malzemede de köklü bir değişim getirdi. Artık bilim insanları tek tek numuneler üzerinde çalışmıyor. Muazzam miktarda dijital veriyle yapılan deneylerin sonuca ulaşması bilgisayarların kapasitesine bağlı.

California Bilimler Akademisi'ndeki yeni Morrison Planetaryum'unda düzenlenen bir gösteri, güçlü bilgisayarların araştırmalara nasıl yön verdiğini tüm heybetiyle gösteriyor. "Life: A Cosmic Journey" (Hayat: Kozmik Bir Yolculuk) adlı bu gösteride izleyiciler bir sekoya ormanından bir yaprak hücresinin içine götürülüyor. Bu sistemde birbirine paralel üç ayrı dizi bilgisayar çalışıyor.

Sistem o kadar çok veri saklıyor ki, aynı anda hem teleskop hem de mikroskop olarak iş görebiliyor. Planetaryumun yöneticisi Ryan Wyatt sistemin "atomaltı düzeyden evrenin büyük ölçekli yapısına" geçiş yapabildiğini belirtiyor. Indiana Üniversitesi'nden bilgisayar bilimcisi Katy Börner bu yeni sisteme "makroskop" diyor. Sistemde kullanılan yazılım üzerinde oynanarak türlü çeşitte araştırmalar yapılabiliyor.

Börner, "The Communications of the Association for Computing Machinery" (İletişim Hesaplama Makineleri Birliği) adlı derginin Mart sayısında, "Makroskoplar 'bütünü görmemizi' sağlıyor, sayısız ayrıntıyı emrimize vererek birbiriyle ilişkili öğeleri harmanlamamıza ve örüntüleri, eğilimleri ve aykırı değerleri belirlememize yardım ediyor" diye yazıyordu.

Birbirinden ayrı çalışan bilim insanlarının yerini artık giderek araştırma grupları alıyor. Bunun belki de en çarpıcı örneği, yüksek enerji fiziği alanında yayınlanan ve binlerce yazarı olabilen bilimsel yazılar. Fakat internetin, Avrupa nükleer araştırma laboratuarı CERN için bir işbirliği aracı olarak geliştirildiğini düşününce buna şaşmamalı.

Dolayısıyla tüm bilimsel alanlardaki araştırma grupları giderek değişik disiplinleri bir araya getiriyor ve coğrafi olarak geniş bir alana yayılıyor. Uygulamaları sorunsuzca bir araya getiren Web 2.0 yazılımı sayesinde araştırma bulgularını paylaşmak basitleşti ve bu da işbirliği çabalarında bir patlamaya yol açtı. Yine bu sayede disiplinler arası projeler de hızlandı, çünkü yazılım tabanlı yöntemleri birleştirmek ve farklı amaçlar için kullanmak kolaylaştı.

Bir makroskobun sadece tek bir yerde olması gerekmiyor. Örneğin, San Diego'daki Calit2'de duvar boyutundaki ekranlar, Suudi Arabistan'ın Suval kentindeki Kral Abdullah Bilim ve Teknoloji Üniversitesi'nin paralel bir laboratuarına yüksek çözünürlüklü bir pencere açıyor. Amerikalı bilim insanları, 10 gigabite varan bant genişliğindeki bir internet bağlantısına (dolayısıyla yüksek çözünürlüklü görüntüleri paylaşma kapasitesine) sahip Suval'de paralel bir bilimsel görüntüleme merkezinin kurulmasına yardım etti. Suudi araştırmacılar artık SAGE (Ölçeklenebilir Uyarlanabilir Grafik Ortamı) olarak bilinen bir yazılım sistemine erişebiliyor. Bu sistem bir milyarın üçte birine varan (normal bilgisayarların 150 katı) pikseldeki görüntüleri kaldırabiliyor. Smarr, "Bilgisayarlar son on yılda bin kat hızlandı ve bilgi saklama kapasitesi de kabaca 10 bin katına çıktı" diyor.

Birçok bilimsel alanda yazılım tabanlı araçlar, açık kaynak sistemleri olarak serbestçe paylaşılabilen yeni işlevler kazanıyor. Böylece küçük gruplar, özgünleştirmeye imkân sunan bu sistemlere başka vasıflar ekleyebiliyor. Örneğin, Washington Üniversitesi'nden Leroy Hood'un araştırmalarından doğan ve 2001'den başlayarak gelişen biyobilişim yazılım aracı Cytoscape. Hood otomatik gen sıralamasının öncülerindendi ve öğrencisi Trey Ideker, insan kromozomunu oluşturan 30 bin kadar gene ait etkileşimlerin otomatik olarak haritasını çıkarmanın yolunu araştırıyordu. Araştırmacılar büyük bir riske girdi ve kodlarını açık kaynak bir yazılım geliştirme projesi olarak ele aldı.

Başka araştırmacılar da bağımsız araçlar geliştirmek yerine yazılıma katkıda bulundukça projenin ortakları çoğaldı. Onu belirli işler için özgünleştirip kullanmak isteyen bağımsız araştırmacılar yeni modüllerle katkı yapabiliyorlardı.

Cytoscape gibi araçların, genom bilimi ve proteomik gibi yeni alanlarda çalışan bilim insanlarının faaliyetlerini destekleyen dev veritabanlarıyla canlı bir ilişkisi var.
Örneğin veritabanları, protein etkileşimleri gibi işlevlerde bazı yeni veritabanları oluşturmaya başlayan Avrupa Biyobilişim Kurumu'nda takip ediliyor. Calit2'de bilgisayar grafik uzmanı olan Tom DeFanti, "Bu işin püf noktası işbirliği. Londra'ya uçmayarak yaptığınız enerji tasarrufuyla bir yıl boyunca birçok bilgisayarı çalıştırabilirsiniz" diyor.